1936年1月，红一军团总部以及红1团、红13团抽调了骨干力量与两个连队，共185人，并结合了陕北地区的地方红军，总人数达到325人，重新组建了红3团。团长由曾保堂担任，政委是肖锋，团部隶属于同样在重建的红1师。随着抗战的全面爆发，1937年8月20日，红1师编为八路军115师独立团，红1师的红3团改编为独立团第3营，继续辖有四个步兵连。平型关战役结束后，独立团第3营跟随杨成武前往蔚县开辟新的抗日根据地。至1937年11月，第3营与第1营一同扩编，组成了晋察冀军区独立第1师第1团。

　　晋察冀军区新成立的独立第1师第1团由六个红军连队组成，这些连队来自原独立团第1营的2、3、4连与第3营的1、2、3连，同时还有地方抗日游击支队的人员。第3营经过改编，原115师独立团的第3营转变为独1师1团第3营，第7、8、9连由原第3营的1、2、3连改编而成，红3团的团部则成为第1团第3营的营部。而独立团第3营的第4连则被调出，与原独立团第1营第1连以及第2营的第1、2连一同合并，组成了新的第3团，并以第4连为核心进行扩编，最终形成了3团的第3营。此后，第4连先后被编入晋察冀军区第六支队（邓华支队）31大队3营，冀热辽挺进军第6团3营，晋察冀军区5分区6团3营，并于1949年1月改编为63军189师566团2营4连，1954年进一步改编为567团1连。

　　1943年11月，晋察冀军区第1团进行规模缩编，由原大团精简为5个连的小团。在这次改编中，原第1连由第1连和第2连（来自红1团红2、3连）合并组成；第2连则是由第5连和第6连合并；第5连由第11连（原红3团第3连）与第12连合并；第3连则由原第1、2、3营抽调出一个连组成，且其中第1和第3排是由红军连缩编而成；第4连由第1、2、3营各抽调一个连组成，且其中第3排是由红军连缩编而成；而第5连则由原第3营的2个连组成，其中第1排来自红军连的缩编。这次改编后，1团虽然总共由5个连组成，但其中的第1连完全是由两个红军连合并而来，属于正宗的红军连，而其他几个连则与红军直接的联系较少。

　　1944年3月，1团被调至教2旅，以保护延安并守卫毛主席的安全。1945年8月，1团奉命向东北进军，这时，第2连（已没有红军血脉）被调出，重新编入延安教导旅的第1团。同时，第5连改编为第2连，东进的1团此时由四个步兵连组成，分别是第1、2、3、4连。1945年9月，第4连（包含了原红3团的第2连）被拆分，编入李运昌部队，导致该连队未能保留下来。到了1945年12月，1团与冀东18总队合并，组成了27旅70团，并扩编为3个营。

　　1946年1月，1团团长丁胜率领第2营的第4、5连调出，其中第4连的前身是原红3团的第3连，而第5连的前身则是红1团的侦察排。1948年11月，原1团第2营的第4、5连分别改编为45军135师405团的第1连和第2连，其中405团第1连直接继承了红3团第3连的历史，并且这个连最终发展为54集团军162师486团的红一连。

　　丁胜调出第2营第4、5连之后，1团重新组建了第2营的第4、5连，最终1团改编为四野48军142师424团和144师430团，之后沿革为55集团军163师487团。487团中的第9连的前身是八路军115师独立团第3营第1连，而这个连的最早历史可以追溯到1936年1月红1军团红1师红3团的第1连。487团3营的机枪连的前身则是红3团的机枪排，也是四个源自红3团的红军连之一。这些连队的历史反映了红一军团红1师红3团的多次演变与发展。